鉴于台湾城城池坚固，强攻一时难以得手，为了减少伤亡，进一步做好准备，朱显波决定采既“围困俟其自降”的方针。一方面派遣伤不起率兵扎营台湾街围困荷军，一方面把各镇兵力分驻各地屯垦。同时前往高山族人民聚居的四大社（新港、目加溜湾.肖垅、麻豆，均在今台南县）进行巡视，受到当地人民的热烈欢迎。

同时不断的从福建用船运送步兵前往台湾，以期全面肃清荷兰余毒。也防止荷兰人从印度洋支援过来。

五月二日，明军军第二梯队6ooo人在唐宁波等将领的率领下，乘船2o艘抵达台湾。明军军的兵力得到加强，供给得到补充后，从五月五日开始，在所有通向城堡的街道上都筑起防栅，并挖了一条很宽的壕沟，围困荷军。朱显波又三次写信劝揆一投降。揆一仍幻想巴达维亚会派兵增援，拒绝投降。

“皇上，让臣做先锋攻城吧。”后来的唐宁波主动请缨。

“唐将军，既来之则安之，朕来了几个月了都不急呢，将来有你立功的地方。替朕多想想破城之策吧。”

“微臣明白。”这海路结合战，唐宁波也不怎么有把握，既然皇上有计划，就按计划进行吧。

朱显波在等荷兰人投降，情报工作也没停下，一方面是把真实的战报放给荷兰人，另一方面是散布谣言，大明将倾全国之力围困荷军至弹尽粮绝，当然更主要的是看看是否荷兰人真有支援。

五月二十八日，荷兰殖民当局得到荷军在赤嵌城战败和台湾城被围的消息后，匆忙拼凑了7ooo名士兵、1o艘军舰，由雅科布?考乌率领，经过38天航行，于七月十八日到达台湾海面。

他们见明军战船阵容雄壮，踌躇不前，加之风浪很大，在海上停留了将近一个月之后，才有5艘战船在台湾城附近海面碇泊。其中“厄克”号触礁沉没，船上士兵被我军俘虏。从俘虏口中得知荷兰援军兵力情况后，加紧进行围城和打援部署。

七月二十一日，驻台湾荷军当局决定：用增援的舰船和士兵，把明军逐出台湾城市区，并击毁停泊在赤嵌城附近航道上的明军船只，以摆脱被围困境。荷军分水、6两路向明军起进攻。海上，荷舰企图迂回我军侧后，焚烧船只，反被明军包围。大明水军隐蔽岸边，当敌舰闯入埋伏圈后，立即万炮齐。

经过一小时激战，击毁荷舰两艘，俘获小艇三艘，使荷兰援军损失了一个艇长，一个尉官，一个护旗军曹和128o名士兵，另有一些人负伤。荷军其余舰船逃往巴达维亚。6上，荷军的进攻同样遭到失败。此后，荷军再也不敢轻易与明军交战。至此，英雄善战的特种兵部队战功无数，仅伤二十人、死五人。

看来战场上会功夫还是有好处，炮火奋飞的时候，身手是否敏捷决定了成活率。朱显波暗自下决心，回到京师之后要扩大特种部队规模，每年征召各门各派的愿意为朝廷效力的，加强军事理论的灌输，争取搞个特战大队。

台湾城的荷军被围数月，军粮得不到补给，因而士气低落，不愿再战。八月，揆一为了挽救行将灭亡的命运，企图与西班牙军勾结，夹击大明军。揆一的使者到澳门后想，西军要求荷兰人先派战舰帮助他们攻打泉州，然后再解荷军之围，揆一无可奈何，只好派雅科布?考乌率领漂泊在海上的3艘战舰、2只小艇前去攻袭泉州。

朱显波令穆友前率舰队回援，并通知李自成从6路逼近澳门。

本来朱显波一向想依靠西班牙人提供技术才给他们在澳门留了个基地，如今他要是铁了心帮助荷兰人，那么就趁机将其赶出去。西班牙人当然不会不知道，朱显波能打下台湾，那么小小的澳门就只能说不费吹灰之力了。