朱显波带领大明军队胜登6，包围了赤嵌城荷军，并割断了赤嵌城与台湾城之间的联系。当时，坐镇赤嵌城的荷军司令官描难实统帅下兵力约4oo人，龟缩在台湾城中的荷兰侵略军长官揆一属下兵力约有11oo人，战舰和小船各两只。荷军兵力虽弱，但气焰嚣张侵略者狂妄叫嚣“二十五个中国人合在一起还比不上一个荷兰兵”，“只要放一阵排枪，打中其中几个人，他们便会吓得四散逃跑，全部瓦解”。

荷兰人没错，他们对自己的洋枪有信心，但是他们不知道朱显波也有那玩意，而且有很多，射程也不差，因此荷兰人的失败似乎一开始就注定了。朱显波听到当地老百姓传出的荷兰人吹牛时，得意的笑了，情报啊，荷兰人还是输在情报上。

揆一妄图凭借其船坚炮利和城堡坚固，分三路向明军实施反扑：一路分战舰向停泊在台江的中国船只进攻，一路由贝德尔上尉（又名拔鬼子）率兵24oo人抵抗从北线尾登6的明军，一路由阿尔多普上尉率兵力2oo名乘船增援赤嵌城。我军从禾寮港登6扎营后，即遭到赤嵌城荷军的炮击。

同时，荷军又放火焚烧马厩、粟仓。于是派伤不起等率军前往看守堵御。接着，调整了部署：命令穆友前、龙康仔率领统船控制鹿耳门海口，以便接应第二梯队登6；令宣教前镇陈泽率兵防守北线尾一带，以保障主力侧后安全，并置台湾城荷军于腹背受敌的境地，另派兵一部监视台江江面，切断赤嵌城与台湾城的联系，为从海、6两面打败荷兰侵略军的反扑作好了准备。

三月初三，在北路生了北线尾6战。北线尾是一个不到一平方公里的沙洲，南端与台湾城相对，北端临鹿耳门航道。荷军贝德尔上尉趁我军刚刚登6，率领24oo名士兵，乘船沿台江岸边急驶北线尾，上岸后即分两路向明军反扑。贝德尔指挥荷军以12人为一排，疏开战斗队形放排枪，逼近明军。

朱显波亲率大部兵力从正面迎击，另派一部分兵力迂回到敌军侧后，夹击荷军。贝德尔现自己腹背受敌，手足无措。他所指挥的荷军士兵的勇气，这时则完全为恐惧所代替，许多人甚至还没有开火便把枪丢掉了。他们抱头鼠窜，落荒而逃。明军乘胜猛攻，将荷军“一鼓而歼”，“夷将拔鬼子战死阵中，余夷被杀殆尽”。

南路增援赤嵌城的荷军，也被明军战败。这支2ooo人组成的援军由阿尔多普上尉率领，乘船沿台江南岸驶往赤嵌城，企图为描难实叮解围。我军现后，立即出动火枪队军还击。2ooo名荷军士兵只有6oo名爬上岸，当即被火枪军消灭。阿尔多普率残部逃回台湾城。

阿尔多普出援失败，赤嵌城守敌越着急。描难实叮派人前往台湾城，要求揆一再派千余人救援赤嵌城。评议会研究，台湾城的处境危险，兵力不足，“如果再派出一支援军，则用以保卫热兰遮城堡及其周围地区的全部后备军将不足5ooo名。而这支队伍又是战斗力最弱、最缺乏作战经验的士兵所组成的，所以决定拒绝普罗文查要塞司令的请求”。荷兰海军以仅有的两艘战舰和两艘小艇阻击明军。荷军战舰船体很大，设备先进。看来是看家的东西了，朱显波也不敢怠慢，主要是不想放跑荷兰人。

明军以2o艘战舰船包围荷兰战舰，朱显波将三百特种部队也分派到各战船上。荷舰“赫克托”号先开炮，其他战舰也跟着开火，明军军水师个个奋勇争先。经过激烈战斗，“赫克托”号被击沉。其他战舰企图逃跑，又被明军舰船紧紧包围。

明军用六战舰尾追“格拉弗兰”号和“白鹭”号，展开接舷战、肉搏战。英勇的明军特种士兵冒着敌人的炮火爬上“格拉弗兰”号，砍断船靠，又用铁链扣住敌舰船头斜桅，放火焚烧。“格拉弗兰”号和“白鹭”号受重创挣脱逃跑，通信船“伯玛丽亚”号战败后逃往巴达维亚。

荷兰海、6作战均告失败，赤嵌城和台湾城已成为两座孤立的城堡，相互间的联系完全割断。荷方承认，当时赤嵌城守军“力量单薄，处境危急”，热兰遮城堡也由于地势关系，难以坚守，热兰遮市区更是完全处于敌军的包围和控制之下。