应天书院采取岱山书院的模式，除了教授八股文章以外，还要兼修算术，农经，格物各科。由于书院管吃管住还不收学费，立刻引得贫困读书人趋之若鹜。

任思齐对士绅们的清洗引发了隆武朝廷和鲁王朝廷的震动。当听闻任思齐攻克南京之后，隆武帝朱聿键大喜，以为大明中兴有望，并积极和大学士黄道周等人商议还都南京之事。消息泄漏出去，引发了平虏伯郑芝龙的不满。隆武朝廷的军队财权都掌握在郑家兄弟的手中，可以说是郑芝龙的傀儡。

郑芝龙本人根本没有驱逐满清的雄心，他一心只想保住自己福建的地盘，保住自己庞大的船队和海外贸易。江浙各地引发抗清狂‘潮’之时，朱聿键就打算派兵北伐响应各地的起义，奈何郑芝龙根本不愿派出手下的军队，没办法朱聿键只好派黄道周金声等人呢，前往徽州太平等地招募义兵。结果金声招募了数万义兵却被洪承畴派兵剿杀。

隆武帝早就对郑芝龙非常不满，早就想着摆脱他的控制，所以听说任思齐攻下南京之后，他就打算朝廷搬到南京。

就在隆武朝廷扯皮之时，突然有大量的士子从应天府逃到了福建，随后复社名士陈子龙带领大批文士也来到了福京，言说任思齐突然拿读书人开刀的事情。顿时引得隆武朝廷一片哗然，再也没有人提起搬都南京的事情。

士绅们本来就是守望互助，本来就同年乡党的名义盘根错节，当然其中偶有内斗，但是大体上还是很团结的。

“任思齐要谋反了！竟敢向士绅们开刀。”一个大臣大叫道。

“可是他是以叛国的罪名杀的人。”有人小声说道。

“他只不过是个武夫，有什么权力对勋贵士绅开刀，这不是造反又是什么？”叛国投敌的罪名根本没法洗地，只好拿任思齐的身份做法。

“咱们不能对他听之任之，必须派兵对他进行讨伐！”有人大声叫道。这下所有人都闭上了嘴巴，开什么玩笑，人家连八旗大兵都不怕，去讨伐他，想找死不成？